Selon BFM TV, contrairement aux idées reçues, le bio ne garantit pas à 100% l’absence de pesticides, comme le montre l’enquête du magazine 60 Millions de consommateurs. Le magazine a testé 74 produits bio pour déterminer s'ils étaient porteurs ou non de pesticides. Résultat, près de 10% d’entre eux contiennent des traces de ces substances nocives pour la santé. Ils respectent pourtant bien le cahier des charges du bio, qui n’exclut pas totalement l’usage de produits phytosanitaires.
Le règlement européen précise que "la prévention des dégâts causés par les ravageurs, les maladies et les mauvaises herbes (doit) reposer principalement sur la protection des prédateurs naturels, le choix des espèces et des variétés, la rotation des cultures, les techniques culturales et les procédés thermiques". Quand ces méthodes ne suffisent pas, le label tolère l’utilisation de substances actives d’origine "naturelle". Près d’une centaine de produits sont ainsi autorisés par l’agriculture biologique.
Cependant, tout ce qui est naturel n’est pas nécessairement inoffensif. Parmi les substances autorisées, on trouve le spinosad, issu de la fermentation d’une bactérie présente dans le sol. Ce produit agit directement sur le système nerveux des insectes. Selon la biographie officielle, il est classé comme "toxique ou très toxique pour les hyménoptères pollinisateurs: abeille et bourdons, par effet direct, et peut-être également par ingestion de pollen ou de nectar".